Deze moskee was vroeger een kerk en wordt wel de kleine Aya Sophia genoemd. Hij werd gebouwd tussen 527 en 536 en is dus ouder dan de Aya Sophia. Het is aannemelijk dat de kleine Aya Sophia het voorbeeld was voor de grote Aya Sophia. De kerk werd opgedragen aan de heiligen Sergius en Bacchus, martelaren in het christelijk geloof. In de zestiende eeuw werd, zoals elders in Istanbul, de kerk omgevormd tot moskee.